Секвенирование ДНК быстро определяет устойчивые к антибиотикам бактерии

Ученые из Университета Джона Хопкинса доказали, что технология быстрого секвенирования генов может ускорить идентификацию определенных штаммов бактерий, устойчивых к антибиотикам. Работа проводилась под руководством доцента Праниты Тамма. Результаты исследования появились на сайте университета 17 января.

Количество устойчивых к лекарственным средствам бактериальных инфекций резко возросло за последние пару десятилетий. Это происходит из-за чрезмерно частого использования антибиотиков и из-за легкости, с которой бактерии могут приобретать новые гены резистентности, особенно в условиях больниц, где различные штаммы могут без препятствий скрещиваться. В настоящее время типичные лабораторные тесты для выявления конкретных штаммов бактерий требуют 24 часа для выращивания микробной культуры, отобранной у пациентов, плюс дополнительные 24–48 часов для определения того, какие обычно используемые антибиотики будут эффективны.

В новой работе доктор Тамма использовала ДНК-секвенатор с нанопорами — новый вид технологии, который дает результаты намного быстрее, чем другие инструменты секвенирования ДНК, поскольку он измеряет электрический сигнал во время прохождения нити ДНК через крошечные поры. Электрический сигнал контролируется в режиме реального времени, что позволяет анализировать результаты секвенирования в течение нескольких минут. Другим секвенсорам требуется минимум 24 часа для анализа результатов. Исследователи использовали новый секвенатор для выявления генов устойчивости к антибиотикам у нескольких штаммов Klebsiella pneumoniae, бактерий, которые обитают в кишечнике человека и могут быть как абсолютно безвредными, так и вызывать серьезные инфекции.

Команда собрала клинические образцы K. pneumoniae у 40 взрослых пациентов, госпитализированных в больницу Джона Хопкинса, извлекла бактериальную ДНК и провела ее через секвенатор. Исследователи использовали два разных подхода к определению генов резистентности. Самой эффективной оказалась методика, занявшая 14 часов: за это время ученые смогли определить резистентные гены с точностью до 92% и подобрать антибиотики для лечения каждого конкретного случая заражения инфекцией K. pneumoniae.

Материалы по теме:

Верблюжий вирус БВРС крайне опасен для человека

Инфекционисты из Института исследования приматов Лейбница в Геттингене бьют тревогу из-за коронавируса ближневосточного респираторного синдрома (БВРС). Доктор Штефан Пехльман и его коллеги полагают, что вирус, обнаруженный в 2012 году, намного опаснее, чем считается. Результаты их наблюдений были опубликованы 22 ноября на ...

Клетки дыхательных путей по-разному реагируют на простуду

Группа ученых из Йельского Университета выяснила, что клетки в различных частях дыхательных путей по-разному реагируют на вирус простуды. Группой исследователь руководила доктор Элен Фоксман. Результаты наблюдений были опубликованы 11 сентября на официальном сайте образовательного учреждения. Риновирус является ведущей причиной развития ...

Чем вредна яичница на завтрак? Рекомендации врачей.

Чем вредна яичница. Отвечает врач-гастроэнтеролог, кандидат медицинских наук Константин Спахов: – Только что в США опубликовали исследование, в котором установили, что каждая дополнительная половина яйца в день увеличивала сердечно-сосудистую заболеваемость на 6%, а общую смертность – на 8%. Объясняют это холестерином. В одном яйце его ...

Волосяные фолликулы испускают электрические импульсы

Группа ученых из Массачусетского госпиталя обнаружила электрическую активность волосяных фолликулов при помощи новой исследовательской методики. Проектом руководил доктор Дэвид Коэн из отделения радиологии. Статья была опубликована 30 ноября в журнале Scientific Reports. Множество факторов может помешать правильному формированию и росту ...