CRISPR-Cas9 поможет создать карту генов рака
Исследователи провели скрининг различных типов рака с помощью технологии CRISPR-Cas9 и стали на шаг ближе к созданию комплексной карты генов. Проектом руководили специалисты из Wellcome Sanger Institute, MIT и Гарварда. Статья с деталями работы была опубликована 20 декабря в журнале Nature Communications.
Инициатива «Карта зависимостей рака» (Cancer DepMap) направлена на создание подробного списка правил и рекомендаций для лечения рака. Два ключевых элемента Cancer DepMap — это картирование генов, критических для выживания раковых клеток, и аналитика полученных наборов данных. Несмотря на недавние успехи в исследованиях рака, для того, чтобы индивидуализированное и доступное лечения для онкологических больных, требуется много новых лекарственных препаратов.
Чтобы найти потенциальные терапевтические мишени, ученые берут опухолевые клетки у пациентов для создания клеточных линий, которые можно выращивать в лабораториях. Затем они используют технологию CRISPR-Cas9 для редактирования генов в этих раковых клетках, отключая их один за другим, чтобы понять, насколько они важны для выживания рака. Результаты этих экспериментов показывают, какие гены с наибольшей вероятностью могут стать потенциальными мишенями для новых лекарств. В этом новом исследовании специалисты проанализировали данные двух недавно опубликованных генетических скринингов CRISPR-Cas9. Несмотря на значительные различия в экспериментальных протоколах, команда ученых обнаружила, что результаты скрининга соответствовали друг другу.
Важно отметить, что в обоих наборах данных были обнаружены одни и те же гены, необходимые для выживания рака. Это подтверждает воспроизводимость функциональных генетических скринингов CRISPR-Cas9 с целью устранения любых сомнений в их эффективности. Оно также устанавливает строгие стандарты для оценки этих новых типов наборов данных, облегчая сравнение и интеграцию больших баз данных о раке.
